Istituito nel 1772 da Carlos III come Gabinetto reale di storia naturale. Parte della collezione che questo museo possiede è grazie al donazioni di Pedro F. Dávila, un mercante di culto di Guayaquil. Nel 1815 fu nominato Museo reale di scienze naturali. Nel 1887 si stabilì nel Palazzo dell'Industria e delle Belle Arti.
Dal 1913 detiene il nome attuale. All'interno, il museo si concentra sulla ricerca, descrizione e conservazione della diversità biologica e geologica di tutto il mondo, per la quale dispone di cinque dipartimenti specializzati.
La sua funzione principale è la diffusione delle scienze naturali e lo sviluppo degli aspetti educativi attraverso pubblicazioni e mostre. Il punto d'incontro per gli studi di ricerca è Madrid.
Visitandolo potrai conoscere alcuni esemplari storici come il megaterium, il diplodoco, diorami di uccelli e mammiferi, museo di storia naturale, sala dedicata al Mar Mediterraneo e una sala dove sono raccolti i pezzi storici più emblematici del museo.
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